首先，我國還沒有有機肥產品的國家標準，只有行業標準。有機肥生產不需行政許可，生產門檻低，生產方式五花八門，目前小作坊較多，生產設備簡陋，產品質量難以保證。
其次，一些廠家片面追求外觀，不重視內在品質。目前農民在市場上選用有機肥時大多憑顆粒外觀和包裝的感性認識來判斷有機肥產品品質好壞，認為顆粒外觀烏黑發亮、光滑均勻的就是好產品。商品有機肥由于原料的多樣性，不同原料做成的有機肥在外觀上有一定差距，其內在品質也有較大差異。
第三，企業生產忽視發酵過程。國內有機肥的商品化、規�；�及規范化發展剛剛起步，一些生產線未進行嚴格的高溫發酵，導致有機肥產品難以達到無害化要求。
第四，純有機肥養分含量低，施用后不如化肥肥效快，推廣普及遭遇瓶頸，所以做有機無機復混肥之更好的選擇，
第五，有機肥包裝標識混亂。個別企業標上有機質、腐殖酸、氨基酸、動物蛋白、維生素等含量，并加起來算作養分總含量誤導消費者。
第六，運輸成本高，有機肥通過鐵路運輸不享受化肥優惠運價，運輸成本比較高，使商品有機肥的市場零售價比原料價格高許多。
第七，有機肥生產過程中造粒效率低下，特別是那些有機質含量高的有機肥，有50%以上都要返回造粒，大大降低了生產效率，增加了生產成本。